在朱厚照的默许下，刘瑾排除异己，打击文官集团中反对自己的人。之前尚书韩文号召九卿向皇帝施压，除掉自己，现在直接罢免，回家带孩子去吧！给事中吕翀、刘郤及南京给事中戴铣等六人，御史薄彦徽等十五人，上疏皇帝请求留下谢迁、刘健，说明他们也支持托孤大臣，通通打屁股，予以杖责。南京副都御史陈寿，御史陈琳、王良臣，主事王守仁等人看不下去，想要营救戴铣，触怒了刘公公，也被暴打一顿，贬到穷乡僻壤。
正德二年（公元1505年），为震慑百官，刘瑾以皇帝的名义下发敕书，将刘健、谢迁，尚书杨守随、韩文、林瀚，都御史张敷华，郎中李梦阳，主事王守仁、孙磐、王纶、黄昭，翰林院检讨刘瑞，给事中徐昂、戴铣、陶谐、刘郤、艾洪、吕翀、任惠等几十人的名字榜示朝堂，称之为“奸党”，还让群臣跪在金水桥边，听鸿胪寺官员朗读这份名单，要求群臣以此为戒，不要向这些“大奸大恶”之人学习。那些听刘公公话的人，才是“忠臣”。
为了打击反对派，刘瑾可谓不择手段。人总会有点毛病，他就鸡蛋里挑骨头，稍微有点过错就大做文章，排挤不服从自己的人。如此细微的过失，刘瑾怎么会知道呢？别忘了锦衣卫、东厂、西厂都是什么人在负责，那些校尉的鼻子比狗还灵。《通鉴纂要》是翰林院的文人编写的，刘瑾早就看这些人不爽了，就以誊写不认真为由，把纂修官们贬职，命令文华殿书办官张骏等人誊写，事成之后，给他们提升职务。给事中吉时，御史王时中，郎中刘绎、张玮，尚宝卿顾璿，副使姚祥，参议吴廷举，都因为比较小的过错遭受处罚，先经历过肉体的摧残，再让他们去戍边，体会精神的孤独。欲加之罪，何患无辞，只要与刘瑾作对，就别想有太好的下场。