1964年，阿明在平息乌干达兵变中，立下了很大的功劳，因此深得奥博特总理的赏识。他公开表示了对奥博特总理的极端尊敬，成为奥博特在军界中的亲信，1965年被晋升为陆军上校，成为陆军参谋长兼空军参谋长，后被送赴英国和以色列学习军事。
1966年奥博特任总统后，更加器重阿明，将其视为左右手。1967年他晋升为准将，被任命为武装部队总司令。1968年他又晋升少将，被任命为陆军司令、空军司令、国防参谋长及内阁和国防部军事总顾问，成为乌干达军界的第一号人物，执掌了全国的军事力量。
阿明平步青云，权力欲也随之膨胀，开始在军队中培植自己的私人势力，并拉拢政界人士，逐渐暴露其觊觎国家元首宝座的欲望。因此，阿明与奥博特总统之间出现了矛盾，奥博特对阿明也产生了戒心。1970年年底，曾发生一起企图暗杀总统的未遂事件，阿明被怀疑是幕后策划人。于是，奥博特开始抓军队，在军界培植新的亲信。但奥博特没有摆脱部族意识的影响，他重用其所属的部族及其有关系的部族，引起武装部队中其他部族集团的不满。同时，阿明就利用乌干达长期存在的部族矛盾，煽动军队对总统的不满。
